

W 1495 roku Mikołaj Kopernik opuszcza Kraków, a w 1496 roku przyjmuje w kanonii warmińskiej niższe święcenia kapłańskie. W tym samym roku wyjeżdża do Bolonii aby studiować prawo kanoniczne, mające przysposobić go do administrowania dobrami kościelnymi. Pobyt Kopernika w Bolonii trwał trzy lata. Studiów jurystycznych nie ukończył. 31 maja 1503 roku doktoryzuje się z prawa kanonicznego w Ferrarze.
W 1510 roku Mikołaj Kopernik osiedla się na stałe we Fromborku, gdzie zostaje mianowany kanonikiem. Pełniąc funkcję kanonika katedry we Fromborku miał doskonałe warunki by poświecić się badaniom naukowym . Przez jakiś czas pracował jako lekarz, a w wolnym czasie zajmował się astronomią. W 1521 roku Mikołaj Kopernik ustąpił z urzędu administratora dóbr kapitulnych. Nie można uważać tego za wycofanie się z aktywnego uczestnictwa w działalności kapituły. Niejednokrotnie pełnił w niej później rozmaite, nieraz bardzo odpowiedzialne funkcje. Był wizytatorem, a później zarządcą kapituły. Mikołaj Kopernik był aktywny w bardzo wielu dziedzinach wiedzy, jak fizyka, geografia, ekonomia. Jako kanonik warmiński piastujący różne stanowiska w administracji biskupstwa zajmował się również sprawami związanymi z obronnością Olsztyna. Pisał też rozprawy ekonomiczne i udzielał rad królowi polskiemu w sprawach związanych z obiegiem pieniężnym. W ówczesnych czasach stosunki monetarne były skomplikowane z powodu istnienia 4 mennic: w Toruniu, w Elblągu, w Gdańsku i w Królewcu. Częstą praktyką było przetapianie dobrej monety na gorszą, z czego ogromne korzyści czerpały nie tylko wymienione miasta, ale również zakon krzyżacki. Aby temu przeciwdziałać Mikołaj Kopernik napisał i wygłosił na sejmiku pruskim, który odbył się w okresie od 17 do 21 marca 1522 roku w Grudziądzu, traktat o sposobie bicia pieniędzy pt. " Modus cudendi monetam".

Pomimo tak szerokiego spektrum działań, Mikołaj Kopernik nadal poświęca wiele czasu astronomii i teorii budowy świata. Pierwszy zarys tej teorii Kopernik podał w rozprawie, która jest znana pod tytułem - Komentarzyk Mikołaja Kopernika o utworzonych przez niego hipotezach ruchów niebieskich. W Komentarzyku, po krótkim wprowadzeniu Kopernik wskazuje na pewne braki starej teorii, co go upoważnia do zaproponowania nowej, opartej na następujących siedmiu założeniach :
- Nie istnieje jeden środek wszystkich kół niebieskich lub sfer .
- Środek Ziemi nie jest środkiem Wszechświata , lecz tylko środkiem ciężkości i środkiem sfery księżyca.
- Wszystkie sfery obiegają Słońce jako swój środek i dlatego Słońce jest środkiem całego Wszechświata.
- Stosunek odległości Ziemi od Słońca do wysokości firmamentu jest znacznie mniejszy od stosunku promienia Ziemi do odległości jej od Słońca , a zatem odległość Ziemi od Słońca jest znikomo mała w porównaniu z wysokością firmamentu.
- Jakikolwiek ruch jest dostrzegany na firmamencie, to nie pochodzi z jakiegoś ruchu firmamentu, lecz z ruchu Ziemi. Ziemia wraz z okalającymi ją żywiołami wykonuje pełny obrót dzienny dokoła swych niezmiennych biegunów, podczas gdy firmament i najwyższe niebo pozostają nieruchome.
- To, co nam się przedstawia jako ruch Słońca , pochodzi nie z jego ruchu, lecz z ruchu Ziemi i naszej sfery, wraz z którą krążymy dokoła Słońca, podobnie jak jakakolwiek inna planeta . Ziemia ma przeto więcej niż jeden ruch.
- Poziomy ruch prosty i wsteczny planet pochodzi nie z ich ruchu , lecz z ruchu Ziemi.
Tak więc ruch samej Ziemi wystarcza do wyjaśnienia wielu pozornych ruchów na niebie. W swoich rozważaniach Mikołaj Kopernik posługuje się pojęciami stosowanymi przez XVI wiecznych astronomów, mówiąc o ruchach sfer zamiast o ruchach planet. Ziemi przypisuje ruch trojaki: obiegowy dokoła Słońca, obrotowy dokoła osi, oraz trzeci ruch który ma osobliwy charakter i w świetle nauki współczesnej jest zbędny.

Swojej rozprawy Mikołaj Kopernik nie wydrukował gdyż planował napisanie obszerniejszej pracy. W tym celu jednak trzeba było wykonać wiele obserwacji Słońca, Księżyca i planet, oraz przeprowadzić wiele obliczeń.
Do swoich obserwacji Mikołaj Kopernik stosuje bardzo proste instrumenty, często własnej konstrukcji. Przy obserwacji planet wykorzystuje: kwadrant słoneczny (do obliczania szerokości geograficznej miejsca obserwacji), sferę armilarną (do wyznaczania kątów współrzędnych planety), triquetrum (do obserwacji Księżyca). Obliczenia wykonywał w systemie sześćdziesiątkowym, ponieważ w Europie ułamki dziesiętne nie były jeszcze znane. Dopiero wprowadził je 1585 roku holenderski astronom i matematyk Simon Stevin. Rachunki przeprowadzone przez Mikołaja Kopernika niewiele różnią się od rzeczywistych.
W swojej pracy Mikołaj Kopernik kładł duży nacisk na wyniki obserwacji, które weryfikowały słuszność teorii. Niezgodność obserwacji z teorią dyskwalifikowała teorię. Wyniki swoich rachunków zawarł w tabelach liczbowych, które miały ułatwiać obliczanie położeń Słońca, Księżyca i innych planet na niebie. Obserwował też Kopernik zaćmienia Słońca i Księżyca, stosując własną metodę zwaną ekranową, która stanowiła prototyp kamery fotograficznej. Przewidział fazy Wenus i Merkurego, co potwierdził potem Galileusz. Uważał że świat jest kulisty, a więc skończony. W innym miejscu księgi I "De Revolutionibus", rozstrzygnięcie problemu skończoności świata pozostawia filozofom przyrody.
Dzieło Mikołaja Kopernika dokonało przewrotu w poglądach na świat. W pojęciach przedkopernikańskich rozróżniano zniszczalny świat zjawisk ziemskich i niezniszczalny świat zjawisk niebieskich. Odmienne prawa rządziły czterema żywiołami: ziemią, wodą, powietrzem i ogniem. W świecie zniszczalnym naturalnymi ruchami były ruchy prostoliniowe, w dół do środka Wszechświata (czyli do środka Ziemi) dla żywiołów ciężkich czyli ziemi i wody, oraz ruch ku górze dla żywiołów lekkich - powietrza i ognia. Świat niezniszczalny zbudowany z odmiennej materii, doskonałej, trwał w wiecznym ruchu kołowym, i żadne zmiany nie były w nim możliwe. Słońce zostało stworzone aby ogrzewać i oświetlać Ziemię, Księżyc by rozświetlał mroki nocne, a cała przyroda po to by służyć człowiekowi.
Na tych założeniach opierały się wszystkie religie i wiara, że dusze ludzkie przybywały na Ziemię z ciał niebieskich, które to właśnie determinowały dalsze losy ludzi na Ziemi. Tak zrodziła się astrologia, bardzo rozpowszechniona za czasów Mikołaja Kopernika. Teoria Kopernika traktuje Ziemię jako jedną z wielu planet obiegających Słońce.
Zatem materia tworząca Ziemię powinna mieć takie same własności jak na innych planetach. Przypisanie jednakowych własności wszystkim ciałom niebieskim i ziemskim prowadzi do uogólnień o wielkim znaczeniu naukowym i filozoficznym. Stanowi to stwierdzenie jedności praw i jedności materii we Wszechświecie.
W latach 1539 - 1541 przebywa we Fromborku profesor matematyki wittemberskiego uniwersytetu Jerzy Joachim von Lauchen, zwany powszechnie Retykiem. Opuszczając Frombork zabrał ze sobą odpis De Rovolutionibus celem wydrukowania go w Norymberdze.
Dzieło Kopernika wydrukowane zostało w 1543 roku najprawdopodobniej w około 1000 egzemplarzy. Nosiło tytuł "De Revolutionibus", czyli Mikołaja Kopernika Toruńczyka o obrotach kręgów niebieskich ksiąg sześć i zawierało w przedmowie list dedykacyjny dla papieża Pawła III.
Mikołaj Kopernik był nowoczesnym uczonym i odważnym człowiekiem szukającym prawdy o Wszechświecie. Ogłoszone drukiem dzieło przyniosło światu nową ideę. Mikołaj Kopernik zakończył życie 24 maja 1543 roku na skutek wylewu krwi do mózgu. Mikołaj Kopernik został pochowany pod posadzką katedry fromborskiej. ?